Subaru Natsuki est un banal lycéen se retrouvant subitement transporté dans un monde fantastique sans aucune explication. Alors qu'il tente de prendre ses marques dans ce nouvel endroit, il finit par rencontrer Emilia, une fille possédant des pouvoirs magiques et avec qui il va sympathiser. Malheureusement, sans crier gare, ils meurent tous les deux violemment. 
Subaru se retrouve alors instantanément à l'endroit où il était arrivé dans ce monde, et au même moment, comme si rien ne s'était passé. Il comprend par la suite qu'il a le pouvoir de remonter dans le temps dès l'instant où il meurt. Subaru décide alors de modifier les événements afin de parvenir à une fin plus heureuse.